武汉生物工程学院于2003年设立档案室，隶属于学校办公室。2017年12月，正式成立档案馆，为学校直属单位，既是学校档案工作的职能管理部门，又是永久保存和提供利用本校档案的科学文化事业机构。2023年11月，校史馆建成开馆，与档案馆合署办公。档案馆下设办公室、业务指导室、编研利用室、信息技术室和学生档案室。现有专职工作人员8人，其中高级职称3人。

2023年10月，档案馆整体搬迁至学校3号楼东楼。3号楼东楼由学校建校初的老教学楼于2023年11月建校30周年之际改建并投入使用。馆舍共有4层，建筑面积4000余平方米，一层、二层为校史馆，建筑面积2000余平方米；三层为档案库房与实物展厅，建筑面积为800余平方米，四层为办公区与实物展厅，建筑面积为800余平方米。档案馆基础设施完备，有满足工作需要的计算机、数码相机、复印机、打印机、扫描仪、刻录机等办公设备，档案库房配备了自动消防报警系统、视频监控系统、恒温恒湿系统、新风系统和门禁系统。档案馆馆藏1个全宗，集中保管全校党群、行政、教学、学生、科研、基建、外事、设备、财会、出版、声像、实物等12大类档案。丰富的馆藏资源为学校工作查考、领导决策、教学改革、学术研究、人才培养、编史修志、职称评定、出国留学、学历认证等提供历史凭证和参考资料。档案馆于2020年通过湖北省档案工作目标管理“省一级”评审。

校史馆由报告厅、序厅、主展厅、专题展厅、场景复原展厅组成，以学校办学历程为主线布设“峥嵘岁月”“砥砺奋进”“迈向未来”三个展区，通过大量详实的文字、图片、实物和多媒体资料，辅以部分场景复原等，生动展现了学校30余年发展历程。是武汉生物工程学院保存校史记忆、开展校史教育、展示校园文化、联系广大校友的主要窗口和重要阵地。

在上级各部门和学校的关心指导下，档案馆始终牢记“为党管档、为国守史、为民服务”的职责使命，秉承“存史、资政、服务、育人”的工作宗旨，围绕学校中心工作，不断提升管理水平和服务质量，推动学校档案事业的高质量发展。