马克思主义学院是武汉生物工程学院设立的独立二级教学机构。2018年3月，由思政课部升格为马克思主义学院，并与国防教育中心合署办公。

马克思主义学院下设习近平新时代中国特色社会主义思想概论、思想道德修养与法治、中国近现代史纲要、马克思主义基本原理、毛泽东思想和中国特色社会主义理论体系概论、形势与政策六个教研室，主要承担全校本专科学生的思想政治理论课教育教学任务。同时协助组织部宣传部开展学校党建与思想政治工作；协助学工处、校团委开展学生思想道德教育工作和全校普法教育工作；负责下属学生社团法律协会、瑾瑜历史学社的管理及指导等工作。